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體外選擇的適配體中的電流的基礎(chǔ) | |||
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適體出現(xiàn)了三個(gè)獨(dú)立的小組,他們的工作在1990年首次出版的實(shí)驗(yàn)努力。杰拉爾德·F.喬伊斯在(加州La Jolla)斯克里普斯研究所的研究小組一直在尋找新的RNA酶的活性。體外突變,選擇和放大的研究人員使用分離的RNA酶的功能。這種方法成為體外選擇的適配體中的電流的基礎(chǔ)。
拉里·金的研究小組在美國(guó)科羅拉多大學(xué)(丹佛),試圖找出序列的T4 DNA聚合酶在體外。他們的圖書館是基于自然結(jié)構(gòu),但包括一個(gè)隨機(jī)的8個(gè)核苷酸的序列。組命名該專利方法(美國(guó)專利5270163)在體外選擇“系統(tǒng)進(jìn)化指數(shù)富集的配體(SELEX)??。SELEX過(guò)程中可以找出最有選擇性的適體酶。
這一發(fā)現(xiàn),一個(gè)月后,杰克·紹斯塔克在美國(guó)馬薩諸塞州總醫(yī)院(波士頓)和安德魯·D·埃林頓報(bào)告使用體外篩選分離分子與特定的配體結(jié)合的活動(dòng)。他們創(chuàng)造了一個(gè)圖書館100個(gè)核苷酸的隨機(jī)序列的任何已知的寡核苷酸序列無(wú)關(guān)。目標(biāo)沒有已知的核酸配體的有機(jī)染料。這組創(chuàng)造了這個(gè)詞的適體,其中來(lái)自拉丁問(wèn)博,意思是“以適應(yīng)。”
SELEX技術(shù)是一種技術(shù),用于隔離功能的合成核酸。它允許對(duì)大的,隨機(jī)的寡核苷酸庫(kù)的體外篩選的一個(gè)反復(fù)的過(guò)程的吸附,回收,和擴(kuò)增的寡核苷酸序列(參見圖1)。可以訪問(wèn)在網(wǎng)上免費(fèi)www.isrec.isb-sib.ch/htpselex的高通量SELEX實(shí)驗(yàn)小學(xué)和衍生數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)。
SELEX過(guò)程開始于從圖書館的合成單鏈寡核苷酸。一個(gè)典型的SELEX第一輪將包含10 14 10 15獨(dú)特的序列?;瘜W(xué)合成的單鏈(β)的DNA,然后通過(guò)聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴(kuò)增,以便產(chǎn)生相應(yīng)的雙鏈DNA。根據(jù)所需的適體,該庫(kù)被轉(zhuǎn)換成其中的單鏈DNA鏈分離或通過(guò)體外轉(zhuǎn)錄的RNA。單鏈DNA,然后進(jìn)行培養(yǎng)與利益的目標(biāo)。采用的構(gòu)象,使他們能夠與靶核酸,通過(guò)過(guò)濾分離,通過(guò)硝酸纖維素柱的親和柱(小分子)。的適體目標(biāo)雙鏈洗脫,通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄-PCR擴(kuò)增,RNA適體,或PCR的DNA適配子的情況下的情況下。這創(chuàng)造了一個(gè)更小的為下一個(gè)周期的分子濃縮池。該過(guò)程需要8至15次迭代的周期,進(jìn)行了越來(lái)越嚴(yán)格的條件下實(shí)現(xiàn)的適體的高親和力。
適配與抗體適體,相當(dāng)于抗體的核酸,具有的特性,使得它們優(yōu)于抗體使用時(shí),作為蛋白質(zhì)組學(xué)傳感器的傳感元件(見表1)??贵w鑒定過(guò)程取決于動(dòng)物的主機(jī)上。表達(dá)過(guò)程變得更加復(fù)雜時(shí),目標(biāo)是毒素,這可能會(huì)損害主機(jī),或低分子量的分子,它觸發(fā)一個(gè)最小的免疫原性反應(yīng)??贵w的表現(xiàn)是很多具體的,雖然單克隆制劑已經(jīng)減少了很多,很多的可變性,編制仍然需要一個(gè)漫長(zhǎng)的凈化協(xié)議。
與此相反,在體外設(shè)計(jì)的適配體,從而獨(dú)立于任何動(dòng)物宿主。適配子來(lái)識(shí)別使用自動(dòng)寡核苷酸合成和篩選系統(tǒng)??梢蕴岣叻肿舆M(jìn)化技術(shù)或通過(guò)設(shè)計(jì)合理的結(jié)合特異性,親和性,和適配體的穩(wěn)定性。此外,適體的識(shí)別過(guò)程中是可以改變的,與特定的目標(biāo)區(qū)域或在不同的約束條件下獲得的適體。一旦確定,適體,很容易創(chuàng)建,使用既定的化學(xué)合成工藝具有極高的重現(xiàn)性和純潔性。
適配體還可以用報(bào)道分子標(biāo)記的,而不會(huì)影響它們的親和力,采用的協(xié)議已經(jīng)建立的寡核苷酸標(biāo)記。7的適配體傳感器可以工作在各種各樣的樣品基體,包括非生理性緩沖液和溫度條件下,典型的抗體制劑變性。適體的相互作用的動(dòng)力學(xué)參數(shù)是可以改變的需求??贵w是龐大而復(fù)雜的分子,非生理pH值和溫度,從而可以限制其使用可重復(fù)使用的傳感器敏感。然而,適配體可以經(jīng)受反復(fù)循環(huán)的變性和復(fù)性,不破壞其結(jié)構(gòu)。此外,它們可以在環(huán)境溫度下運(yùn)輸,而不會(huì)降低存儲(chǔ)持續(xù)時(shí)間長(zhǎng),在使用前,進(jìn)行大量的冷凍和解凍循環(huán)。
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